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经络和脏腑关系密切，但经络是脏腑之外的独立系统，二者不是隶属的关系，更不能用经络名称中涉及脏腑的阴阳属性直接等同于脏腑本身的阴阳之性。这是对经络理论的误解，更是对脏腑理论的误解，千年来如此的认识导致了后世医家对人体生理病理和疾病治疗上的重大偏差和错位。
将经络和脏腑理论中相关的观点，依据同名直接嫁接对等应用，这是现代普遍承认的所谓针药结合的理论基础，这导致在临床诊断和治疗上出现了很多问题。其实，只有明白经络和脏腑二者之间的不同，才能真正做到针药结合。
比如头面官窍的归属问题，从解剖结构上，五官具有唯一性和排他性。但是从气化结构上则完全不同，从经络和藏象的角度更会得出完全不同的结论。以目为例，从藏象角度“肝开窍于目”，另有五脏精气皆上注于目之说；经络而言，目为命门而通太阳经，“太阳根起于至阴，结于命门”，手足太阳经、手足少阳经、任脉、肝经等皆所过目。
再比如，包括心肺在内的胸部，为阳之位，心肺所居；但是从经络看，胸部除为手足少阴、太阴经所过之外，胃经、胆经、肝经都经过此处。从临床治疗上看，《金匮要略·胸痹心痛短气》不但可以见到从心肾角度考虑的大乌头煎、桂枝瓜蒌类方剂，还可以见到从脾胃论治的橘枳姜汤等。此外，胡希恕老先生善用大柴胡汤合桂枝茯苓丸治疗胸痹心痛之实证而且临床效果很好，则是从少阳、厥阴过心的角度考虑。不知经络与脏腑的不同，不可言针药结合。